« Quay lại

Mô phỏng lớp vỏ chứa 200 triệu nguyên tử của nCoV

MỸNhóm nghiên cứu ở Đại học California, San Diego sử dụng siêu máy tính Frontera để lập mô hình nguyên tử hoàn chỉnh của nCoV.

Siêu máy tính Frontera ở TACC. Ảnh: Sci Tech Daily.

Siêu máy tính Frontera ở TACC. Ảnh: Sci Tech Daily.

Các nhà khoa học đang chuẩn bị tạo ra mô hình của nCoV với hy vọng có thể tìm hiểu cách virus lây nhiễm trong cơ thể. Họ đã tiến hành những bước sơ bộ, kiểm tra các bộ phận đầu tiên của mô hình và tối ưu hóa câu lệnh (code) trên siêu máy tính Frontera ở Trung tâm máy tính cao cấp Texas (TACC) thuộc Đại học Texas, Austin. Hiểu biết thu được từ mô hình đầy đủ có thể giúp các nhà nghiên cứu thiết kế những loại thuốc và vaccine mới để đối phó với nCoV.

Rommie Amaro, giáo sư hóa học và hóa sinh ở Đại học California, San Diego (UCSD), đang chỉ đạo dự án xây dựng mô hình nguyên tử hoàn chỉnh đầu tiên mô phỏng vỏ ngoài của nCoV. "Nếu có mô hình tốt phản ánh hình dáng bên ngoài của hạt virus và cách nó hoạt động, chúng ta có thể hình dung những bộ phận khác nhau liên quan tới quá trình nhận dạng phân tử", Amaro cho biết.

Nhận dạng phân tử là quá trình nCoV tương tác với protein gọi là thụ thể ACE2 và các mục tiêu khác bên trong màng của tế bào chủ. Mô hình nCoV do Amaro dự đoán chứa khoảng 200 triệu nguyên tử. Tương tác giữa mỗi nguyên tử với nhau cần được tính toán. Amaro và cộng sự xử lý khối lượng công việc bằng phương pháp mô hình tích hợp.

"Chúng tôi đang cố gắng kết hợp dữ liệu ở nhiều độ phân giải khác nhau vào một mô hình có thể mô phỏng trên siêu máy tính hàng đầu như Frontera", Amaro nói. "Về cơ bản, chúng tôi bắt đầu với các bộ phận riêng lẻ. Chúng tôi dựng mỗi bộ phận hết sức cẩn thận, sau đó chúng tôi đưa chúng vào mô phỏng lớn hơn của vỏ ngoài virus".

Trong hai ngày 12 và 13/3/2020, phòng thí nghiệm Amaro thuộc UCSD chạy các mô phỏng động lực phân tử trên 4.000 nút xử lý của Frontera, siêu máy tính mạnh thứ năm trên thế giới theo đánh giá của tổ chức Top500 vào tháng 11/2019. "Mô phỏng với quy mô đó chỉ có thể chạy trên cỗ máy như Frontera hoặc siêu máy tính của Bộ Năng lượng. Chúng tôi đã liên lạc trực tiếp với đội ngũ phục trách Frontera. Họ đang tìm cách tối ưu hóa câu lệnh để các mô phỏng này có thể chạy hiệu quả hết mức có thể", Amaro chia sẻ.

Dự án về nCoV của Amaro dựa trên thành công khi lập mô phỏng lớp vỏ của virus cúm thường, công bố trên tạp chí ACS Central Science hồi tháng 2/2020.

An Khang (Theo Sci Tech Daily)

Tin khác


 

 

Liên kết website Liên kết website

  Cổng Thông tin điện tử  SỞ KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ TỈNH NGHỆ AN


Cơ quan chủ quản: Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh Nghệ An. 

Số 75 Nguyễn Thị Minh Khai, TP. Vinh, Nghệ An

Điện thoại: 02383.844500 - Fax: 02383.598478

Email: khcn@khcn.nghean.gov.vn


Cơ quan thiết lập: Trung tâm Thông tin KHCN và Tin học Nghệ An
Số 75A Nguyễn Thị Minh Khai, TP. Vinh, Nghệ An
Điện thoại: 02383.837448 - 02383566380.   Email: webkhcnnghean@gmail.com
Người chịu trách nhiệm: Võ Hải Quang, Giám đốc TT Thông tin KHCN và Tin học Nghệ An
Giấy phép thiết lập số: 23/GP-TTĐT ngày 28/3/2017 do Sở TT&TT Nghệ An cấp

 

 

@ Ghi rõ nguồn ngheandost.gov.vn khi phát hành lại thông tin từ website này.