Tên bài: Sử dụng phương pháp Metagenetic (nghiên cứu hệ gen) trong nghiên cứu đa dạng tuyến trùng tự do ở Việt Nam
Nội dung:

Nhóm nghiên cứu thuộc Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam do TS. Nguyễn Đình Tứ làm chủ nhiệm đã thực hiện đề tài: “Sử dụng phương pháp Metagenetic (nghiên cứu hệ gen) trong nghiên cứu đa dạng tuyến trùng tự do ở Việt Nam”.

Đề tài đã cung cấp được thông tin đầy đủ và chính xác hơn về độ đa dạng sinh học của quẩn xã Tuyến trùng thông qua sử dụng phương pháp metabarcoding so với các phương pháp phân loại hình thái cổ điển không thể phát hiện được; Đánh giá sự khác biệt về độ đa dạng sinh học giữa các vùng chưa bị tác động bởi con người và vùng chịu ảnh hưởng của con người. Qua đó đưa ra những ảnh hưởng bởi tác động của con người lên hệ sinh thái như thế nào? Tìm thêm được nhiều loại Tuyến trung hơn thông qua giải trình tự gene trong ARN mà các phương pháp metagenetic không phát hiện được hoặc do lỗi của các phản ứng PCR; Phân tích toàn bộ trình tự các nucleotit trong ARN của Tuyến trùng giữa các vùng nghiên cứu, từ đó sẽ cung cấp các thông tin về các tác nhân lý-sinh của con người lên quần xã Tuyến trùng,

Các nội dung của đề tài gồm: (1) Tiến hành thu thập mẫu, phân tích hình thái cộng đồng và tiếp tục cập nhật cơ sở dữ liệu tham khảo mẫu vật vouchered và xác định trình tự ADN của một số loài. (2) Phân tích metagenetic của quần xã tuyến trùng từ 3 khu vực nghiên cứu. (3) Đánh giá sự khác biệt về độ đa dạng sinh học giữa các vùng chưa bị tác động và vùng bị tác động bởi con người. (4) Phân tích toàn bộ trình tự các nucleotit trong ARN của tuyến trùng giữa các vùng nghiên cứu.

Sau một thời gian triển khai thực hiện, đề tài đưa ra các kết luận như sau:

1. Kết quả nghiên cứu về đặc điểm hình thái của Tuyến trùng

Trong suốt thời gian nghiên cứu của đề tài, chủ nhiệm đề tài và các thành viên trong đề tài đã tiến hành 04 đợt thu mẫu Tuyến trùng với tổng số hơn 200 mẫu Tuyến trùng, mẫu trầm tích và đo đạc các chỉ số về môi trường nước tại rừng ngập mặn Cần Giờ vào các tháng 4 và 9 hàng năm. Tại mỗi địa điểm nhóm nghiên cứu thu 3 mẫu để đảm bảo tính chính xác và đại diện cho các trạm. Qua phân tích, nhóm nghiên cứu đã phát hiện thêm được 1 loài mới cho khoa học, trong đó 7 loài mới đã được công bố trên các tạp chí thuộc danh sách ISI và tạp chí chuyên ngành quốc tế: 1. Onyx annae Nguyen D. T. et al., 2020;

2. Kết quả nghiên cứu về tập hợp giữ liệu gen (Metagenetic)

Trong nghiên cứu này, đề tài nghiên cứu metabarcoding tập chung chủ yếu vào gen 18S và COI trên cơ sở quần xã tuyến trùng đã được phân loại bằng phương pháp hình thái được thu thập từ các vùng sinh thái khác nhau (nuôi trồng thủy sản, khu công nghiệp và khu bảo tồn thiên nhiên) thuộc khu vực rừng ngập mặn của Việt Nam, ở đó có sự khác nhau về hàm lượng kim loại nặng, nitrat và chất lơ lửng. Để nghiên cứu, nhóm đề tài đã so sánh mật độ tuyến trùng, thành phần loài và giống liên quan đến chất lượng môi trường ở 3 vùng nêu trên. Kết quả cho thấy không có sự sai khác khi sử dụng 3 phương pháp tiếp cận trên, trong đó dữ liệu 18SrRNA mô tả tốt nhất mức độ đa dạng và thành phần loài liên quan đến các yếu tố môi trường ở khu vực nghiên cứu hơn là phương pháp sử dụng hình thái. Nhóm đề tài cho rằng nguyên nhân do thiếu cơ sở dữ liệu tham chiếu về hình thái tuyến trùng. Nhóm đề tài cho rằng nguyên nhân do thiếu cơ sở dữ liệu tham chiếu về hình thái tuyến trùng.

Phương pháp sử dụng 18S rRNA metabarcoding thực sự tin cậy và nhanh chóng trong việc sàng lọc các yếu tố thay đổi môi trường. Tuy nhiên, khi chúng ta cũng muốn hiểu về bản chất của những thay đổi đó thì thông tin sinh thái và sinh học liên quan đến phân loại học vẫn là điều cần thiết. Do đó, đề tài ủng hộ rằng việc bổ sung dữ liệu trình tự gene tham chiếu mới từ mẫu vật chuẩn là một phần thiết yếu của mọi nghiên cứu về metabarcoding.

Có thể tìm đọc toàn văn Báo cáo kết quả nghiên cứu của Đề tài (Mã số 17576/2020) tại Cục Thông tin khoa học và công nghệ quốc gia.

P.T.T (NASATI)




NHUẬN BÚT


Tác giả:
Tiêu đề: Sử dụng phương pháp Metagenetic (nghiên cứu hệ gen) trong nghiên cứu đa dạng tuyến trùng tự do ở Việt Nam
Ngày xuất bản: Thứ hai - 28/11/2022 21:20
Nội dung:

Nhóm nghiên cứu thuộc Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam do TS. Nguyễn Đình Tứ làm chủ nhiệm đã thực hiện đề tài: “Sử dụng phương pháp Metagenetic (nghiên cứu hệ gen) trong nghiên cứu đa dạng tuyến trùng tự do ở Việt Nam”.

Đề tài đã cung cấp được thông tin đầy đủ và chính xác hơn về độ đa dạng sinh học của quẩn xã Tuyến trùng thông qua sử dụng phương pháp metabarcoding so với các phương pháp phân loại hình thái cổ điển không thể phát hiện được; Đánh giá sự khác biệt về độ đa dạng sinh học giữa các vùng chưa bị tác động bởi con người và vùng chịu ảnh hưởng của con người. Qua đó đưa ra những ảnh hưởng bởi tác động của con người lên hệ sinh thái như thế nào? Tìm thêm được nhiều loại Tuyến trung hơn thông qua giải trình tự gene trong ARN mà các phương pháp metagenetic không phát hiện được hoặc do lỗi của các phản ứng PCR; Phân tích toàn bộ trình tự các nucleotit trong ARN của Tuyến trùng giữa các vùng nghiên cứu, từ đó sẽ cung cấp các thông tin về các tác nhân lý-sinh của con người lên quần xã Tuyến trùng,

Các nội dung của đề tài gồm: (1) Tiến hành thu thập mẫu, phân tích hình thái cộng đồng và tiếp tục cập nhật cơ sở dữ liệu tham khảo mẫu vật vouchered và xác định trình tự ADN của một số loài. (2) Phân tích metagenetic của quần xã tuyến trùng từ 3 khu vực nghiên cứu. (3) Đánh giá sự khác biệt về độ đa dạng sinh học giữa các vùng chưa bị tác động và vùng bị tác động bởi con người. (4) Phân tích toàn bộ trình tự các nucleotit trong ARN của tuyến trùng giữa các vùng nghiên cứu.

Sau một thời gian triển khai thực hiện, đề tài đưa ra các kết luận như sau:

1. Kết quả nghiên cứu về đặc điểm hình thái của Tuyến trùng

Trong suốt thời gian nghiên cứu của đề tài, chủ nhiệm đề tài và các thành viên trong đề tài đã tiến hành 04 đợt thu mẫu Tuyến trùng với tổng số hơn 200 mẫu Tuyến trùng, mẫu trầm tích và đo đạc các chỉ số về môi trường nước tại rừng ngập mặn Cần Giờ vào các tháng 4 và 9 hàng năm. Tại mỗi địa điểm nhóm nghiên cứu thu 3 mẫu để đảm bảo tính chính xác và đại diện cho các trạm. Qua phân tích, nhóm nghiên cứu đã phát hiện thêm được 1 loài mới cho khoa học, trong đó 7 loài mới đã được công bố trên các tạp chí thuộc danh sách ISI và tạp chí chuyên ngành quốc tế: 1. Onyx annae Nguyen D. T. et al., 2020;

2. Kết quả nghiên cứu về tập hợp giữ liệu gen (Metagenetic)

Trong nghiên cứu này, đề tài nghiên cứu metabarcoding tập chung chủ yếu vào gen 18S và COI trên cơ sở quần xã tuyến trùng đã được phân loại bằng phương pháp hình thái được thu thập từ các vùng sinh thái khác nhau (nuôi trồng thủy sản, khu công nghiệp và khu bảo tồn thiên nhiên) thuộc khu vực rừng ngập mặn của Việt Nam, ở đó có sự khác nhau về hàm lượng kim loại nặng, nitrat và chất lơ lửng. Để nghiên cứu, nhóm đề tài đã so sánh mật độ tuyến trùng, thành phần loài và giống liên quan đến chất lượng môi trường ở 3 vùng nêu trên. Kết quả cho thấy không có sự sai khác khi sử dụng 3 phương pháp tiếp cận trên, trong đó dữ liệu 18SrRNA mô tả tốt nhất mức độ đa dạng và thành phần loài liên quan đến các yếu tố môi trường ở khu vực nghiên cứu hơn là phương pháp sử dụng hình thái. Nhóm đề tài cho rằng nguyên nhân do thiếu cơ sở dữ liệu tham chiếu về hình thái tuyến trùng. Nhóm đề tài cho rằng nguyên nhân do thiếu cơ sở dữ liệu tham chiếu về hình thái tuyến trùng.

Phương pháp sử dụng 18S rRNA metabarcoding thực sự tin cậy và nhanh chóng trong việc sàng lọc các yếu tố thay đổi môi trường. Tuy nhiên, khi chúng ta cũng muốn hiểu về bản chất của những thay đổi đó thì thông tin sinh thái và sinh học liên quan đến phân loại học vẫn là điều cần thiết. Do đó, đề tài ủng hộ rằng việc bổ sung dữ liệu trình tự gene tham chiếu mới từ mẫu vật chuẩn là một phần thiết yếu của mọi nghiên cứu về metabarcoding.

Có thể tìm đọc toàn văn Báo cáo kết quả nghiên cứu của Đề tài (Mã số 17576/2020) tại Cục Thông tin khoa học và công nghệ quốc gia.

P.T.T (NASATI)
